음악연구소에서 『음악논단』은 1984년에 창간되어 지금까지 지속적으로 발간되어 우리나라 음악학 담론의 중심축이 되고 있는 중요한 저널이다. 전문가들로 구성된 편집위원회와 논문게재 심사위원단은 공정하고 엄정하기로 학계에 이미 널리 알려져 있으며, 이 논문집에 실리는 다양하고도 심도 깊은 연구 결과물들은 우리나라 학계에 깊은 영향력을 행사해 왔다. 현재 한국연구재단 등재지로 등록되어 있다.
『음악논단』의 학술적 권위가 높아짐에 따라 본 학술지에 논문을 게재하고자 하는 연구자들이 늘어나 연 1회 학술지를 발간하던 것을 2011년부터 횟수를 늘려 연2회 매해 4월과 10월에 발간하고 있다.